Transformers Character Guide: Comics -- Devil's Due Press

G.I. Joe vs. the Transformers (July 2003) [Josh Blaylock]

Autobots
    Optimus Prime (male)

    Bluestreak (male)

    Brawn (male)

    Bumblebee (male)

    Cliffjumper (male)

    Gears (male)

    Hound (male)

    Ironhide (male)

    Jazz (male)

    Mirage (male)

    Prowl (male)

    Ratchet (male)

    Sideswipe (male)

    Sunstreaker (male)

    Trailbreaker (male)

    Wheeljack (male)

Decepticons

    Megatron (male)

    Reflector (male)

    Skywarp (male)

    Soundwave (male)

    Starscream (male)

    Thundercracker (male)

Constructicons

    Bonecrusher (male)

    Hook (male)

    Long Haul (male)

    Mixmaster (male)

    Scavenger (male)

    Scrapper (male)

    Devastator (male)

Mini-Cassettes

    Frenzy (male)

    Laserbeak (male)

    Ratbat (male)

    Ravage (male)

    Rumble (male)

G.I. Joe

    Hawk (male)

    Duke (male)

    Ace (male)

    Bazooka (male)

    Blowtorch (male)

    Breaker (male)

    Clutch (male)

    Cover Girl (female)

    Doc (male)

    Flash (male)

    Flint (male)

    General Flagg (male)

    Gung-Ho (male)

    Lady Jaye (female)

    Mainframe (male)

    Mercer (male)

    Mutt (male)

        Junkyard

    Quick Kick (male)

    Roadblock (male)

    Rock 'n Roll (male)

    Scarlett (female)

    Sci-Fi (male)

    Shipwreck (male)

    Snake-Eyes (male)

    Spirit (male)

    Stalker (male)

    Wild Bill (male)

Cobra

    Cobra Commander (male)

    Baroness (female)

    Destro (male)

    Doctor Mindbender (male)

    Firefly (male)

    Major Bludd (male)

    Storm Shadow (male)

    Wild Weasel (male)

    Zartan (male)

Other Humans

    Frankel (male)

    Horn (male)

    Izzo (male)

    Lane (male)

    Michael (male)

    Renegar (male)

G.I. Joe vs. the Transformers II (September 2004) [Dan Jolley]

Autobots
Time displaced

    Optimus Prime (male)

    Bumblebee (male)

    Hot Rod (male)

    Jazz (male)

    Ratchet (male)
Dinobots

    Grimlock (male)

    Slag (male)

    Sludge (male)

    Snarl (male)

    Swoop (male)
Others

    Ironhide (male)

    Perceptor (male)

    Ultra Magnus (male)

    Wheeljack (male)
Decepticons

    Shockwave (male)
Seekers

    Starscream (male)

    Dirge (male)

    Ramjet (male)

Mini-Cassettes

    Buzzsaw (male)

    Frenzy (male)

    Ratbat (male)

    Ravage (male)

Triple Changers

    Blitzwing (male)

    Octane (male)

Insecticons

    Bombshell (male)

    Kickback (male)

    Shrapnel (male)

    Venom (male)

Predacons

    Divebomb (male)
Stunticons

    Motormaster (male)

    Breakdown (male)

    Dead End (male)

    Drag Strip (male)

    Wildrider (male)

Others

    Cyclonus (male)

    Reflector (male)

    Ruckus (male)

    Scourge (male)

    Sweeps
G.I. Joe

    Duke (male)

    Barbecue (male)

    Bazooka (male)

    Beachhead (male)

    Chuckles (male)

    Cover-Girl (female)

    Dial-Tone (male)

    Dusty (male)

    Gung-Ho (male)

    Jinx (female)

    Lady Jaye (female)

    Roadblock (male)

    Scarlett (female)

    Sci-Fi (male)

    Shipwreck (male)

    Snake-Eyes (male)

    Spirit (male)

    Stalker (male)

Cobra

    Cobra Commander (male)

    Baroness (female)

    Destro (male)

    Doctor Mindbender (male)

    Storm Shadow (male)

    Tomax and Xamot (male)

    Percy (male)

    Cobra Vipers

    Iron Grenadiers

Dreadnoks

    Zartan (male)

    Buzzer (male)

    Ripper (male)

    Torch (male)

Other Humans

    Tommy Fingers (male)
Others

Cobra-La

    Nemesis Enforcer (male)

    Pythona (female)

G.I. Joe vs. the Transformers: The Art of War (March 2006) [Tim Steeley]

Autobots / Maximals
Earth

    Optimus Prime (male)

    Arcee (female)

    Bumblebee (male) 

    Grimlock (male)

    Perceptor (male) 
Cybertron

    Cliffjumper (male)

    Hot Rod (male)

    Ironhide (male)

    Jetfire (male)

    Kup (male)

    Omega Supreme (male)

    Prowl (male)

    Ratchet (male)

    Sandstorm (male)

    Sideswipe (male)

    Skids (male)

    Springer (male)

    Ultra Magnus (male)

    Tracks (male)

    Warpath (male)

    Paradron Medic (female)
Memories

    Alpha Trion (male)

    Optimus Primal (male)
Decepticons

    Megatron (male)

Mini-Cassettes

    Buzzsaw (male)

    Overkill (male)

Triple Changers

    Astrotrain (male)

    Blitzwing (male)

    Octane (male)

Insecticons

    Barrage (male)

    Shrapnel (male)

    Venom (male) 
Predacons

    Predaking (male)

        Razorclaw (male)

        Divebomb (male)

        Headstrong (male)

        Rampage (male)

        Tantrum (male)

Combaticons

    Onslaught (male)

    Blast Off (male)

    Brawl (male)

    Vortex (male)

Stunticons

    Menasor (male)

        Motormaster (male)

        Breakdown (male)

        Dead End (male)

        Drag Strip (male)

        Wildrider (male)

Terrorcons

    Hun-Gurrr (male)

    Rippersnapper (male)

Seacons

    Piranacon (male)

        Nautilator (male)  
Others

    Reflector (male)

    Runamuck (male)

    Scourge (male)

    Sixshot (male)

    Soundwave (male)

    Thrust (male)

    Trypticon (male)
Other Transformers

   Unicron
G.I. Joe

    Duke (male)

    Hawk (male)

    Barbecue (male)

    Beachhead (male)

    Cover Girl (female)

    Dusty (male)

    Fast Draw (male)

    Firewall (female)

    Flash (male)

    Flint (male)

    Lady Jaye (female)

    Mainframe (male)

    Roadblock (male)

    Rock 'n Roll (male)

    Scarlett (female)

    Sci-Fi (male)

    Sgt. Savage (male)

    Snake-Eye (male)

    Stalker (male)

    Storm Shadow (male)

    Tripwire (male)

Cobra

    Cobra Commander (male)

    Serpent O.R. / Serpentor Prime (male)

    Baroness (female)

    Knox (female)

    Zarana (female)

    Zartan (male)

Other Humans

SKAR

    Iron Klaw

Others

    Li (male)

    Martin (male)
Others

    Nemesis Enforcer (male)

    Quintessons

G.I. Joe vs. the Transformers: Black Horizon (January 2007) [Tim Steeley]

Autobots
    Optimus Prime (male)

    Cosmos (male)

    Eject (male)

    Hot Rod (male)

    Prowl (male)

    Sideswipe (male)

    Skids (male)

    Ultra Magnus (male)

Decepticons

    Bludgeon (male)

Pretender Monsters

    Monstructor (male)

        Birdbrain (male)

        Bristleback (male)

        Icepick (male)

        Scowl (male)

        Slog (male)

        Wildfly (male)

Other Transformers

   Unicron
G.I. Joe

    Duke (male)

    Hawk (male)

    Atomic Man (male)

    Bushido (male)

    Joe Colton (male)

    Countdown (male)

    Firewall (female)

    Flash (male)

    Flint (male)

    General Flagg (male)

    Lady Jaye (female)

    Mainframe (male)

    Outback (male)

    Payload (male)

    Red Spot (male)

    Sci-Fi (male)

    Snake-Eyes (male)

    Snow Job (male)

    Windmill (male)

Cobra

    Destro (male)

    Doctor Mindbender (male)
Other Humans

    Allen (male)

    Calendro

    Carolee (female)

    Chok-Pa (male)
Others

Cobra-La

    Golobulus (male)

    Nemesis Enforcer (male)

    Pythona (female)

Lunartix

    Carcass (male)

    Lobotomaxx (male)

    Predacon (male)

Others

    Yeti